In der Zeit als Hofkapellmeister zu Köthen war, trat er einmal eine Reise nach Hamburg an, um die berühmte Arp-Schnitger-Orgel in der Kirche St. Jacobi zu spielen. Er wollte sich nach dem Tod seiner ersten Frau auch örtlich verändern und bewarb sich auf die Organistenstelle, die vakant wurde. Warum Bach die Stelle nicht bekam oder nicht antrat – darüber gibt es unterschiedliche Erklärungen. Die einen meinen, dass Bach die Stelle nicht bekam, weil er die 4000 Mark nicht aufbringen konnte mit denen er das Amt hätte kaufen müssen. Ämterkauf war zu der damaligen Zeit für kirchliche Stellen in Hamburg vorgeschrieben. Allerdings wird auch behauptet, dass dies damals für St. Jacobi noch nicht galt und Bach dies auch wohl wusste.
Für wahrscheinlicher gilt daher, dass Bach keine Lust hatte als Kirchschreiber zu arbeiten – eine Tätigkeit die mit dem Amt verbunden war. Auch hätte er als Organist nur wenig musikalischen Einfluss gehabt. Finanziell wäre die Stelle für ihn durchaus lukrativ gewesen, aber gesellschaftlich und beruflich wäre der Wechsel einem Abstieg gegenüber Köthen gleich gekommen. Mit einer Improvisation über ein Werk des Vorgängers “Über Wassern Babylons” gab Bach ein berauschendes Probespiel, das Johann Adam Reinken mit den Worten beschrieb „Ich dachte, diese Kunst wäre gestorben, ich sehe aber, daß sie in Ihnen noch lebet.“. Bach sagte bereits das zweite Probespiel ab. Drei Jahre später wechselte er als Thomas-Kantor nach Leipzig….und so ging Hamburg dieser große Komponist verloren.